臨床上沒有專門治療甲溝炎的外用藥方。甲溝炎是致病微生物感染所致指甲周圍軟組織的化膿性感染，可表現為一側或雙側甲周皮膚紅、腫、疼痛等症狀。輕症患者可以區域性塗抹藥物進行治療，如膚利舒軟膏(Mupirocin)等抗生素藥膏；重症患者則需要口服或者靜脈注射抗生素類藥物。
一、區域性使用外用藥物
抗生素藥膏
常見的有褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)、複合多粘菌素B軟膏、膚利舒軟膏(Mupirocin)等，這些藥膏都具有廣譜殺菌作用，對革蘭陽性球菌和革蘭陰性桿菌引起的細菌感染都有較好的抗菌效果，可用於治療甲溝炎。
類固醇藥膏
如曲安西龍(Triamcinolone acetonide)、丁酸氫化可體松(Hydrocortisone Butyrate)等，這類藥膏具有抗炎、止癢及減少滲出的作用，在一定程度上能緩解甲溝炎的症狀。
角質促成劑
常用的有水楊酸軟膏、尿素(Urea)乳膏等，這些藥物能夠起到溶解軟化的角質層的效果，幫助甲溝炎恢復。
其他
對於症狀較嚴重的患者，還可以遵醫囑在醫生指導下使用魚石脂軟膏等促進發炎消散。
二、系統使用外用藥物
如果甲溝炎比較嚴重，透過區域性用藥的方式得不到改善，則可以在醫生指導下服用阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)分散片等藥物進行治療，也可以配合使用青黴素G(Penicillin G)、頭孢呋辛鈉(Cefuroxime sodium)等藥物輔助治療。
三、手術治療
若甲床下積聚大量膿液，必須切開引流。可在局麻下行沿甲溝旁縱行切開術，或將甲根部剪開，引流完全後，將傷口縫合。術後每日碘酒換藥，也可放置膠原條紗布引流。一般需待傷口拆線後再拔除指甲，以利於癒合。
四、物理治療
部分甲溝炎患者還可採用紅外線照射的方法來治療，利用其熱力的刺激作用，有助於減輕患者的不適症狀，並促使發炎消退。
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