甲溝炎患者可以使用的藥膏較多，常見的有魚石脂軟膏、如意金黃散等外用塗抹。對於症狀較輕或不適合進行手術治療者，可先選擇區域性用藥緩解發炎反應，若效果不佳或病情加重，則需及時透過手術方法進行治療。
一、區域性用藥
抗生素類
如膚利舒軟膏(Mupirocin)、紅黴素(Erythromycin)軟膏、褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)等，此類藥物抗菌譜廣，對革蘭陽性球菌和陰性桿菌均有效果，且無抗藥性，因此是甲溝炎患者的首選藥膏之一。
類固醇類
如醋酸氟輕松乳膏、地塞松藥膏(Dexamethasone)等，具有抗炎及免疫抑制作用，在消除區域性發炎的同時還能減輕瘙癢等症狀。
中藥類
如魚石脂軟膏、如意金黃散等，魚石脂軟膏由魚腥草、重樓、薄荷腦等成分組成，為皮膚科常用的外用藥，具有清熱解毒、消腫止痛的功效，常用於治療急性化膿性皮膚病以及痤瘡等；如意金黃散主要成分為薑黃、大黃、陳皮、蒼朮、梔子等，具有清熱解毒、活血化瘀、消腫止痛的作用，可用於癰疽疔癤、丹毒、蜂窩組織炎、淋巴結炎、急性乳腺炎等多種急慢性化膿性感染性疾病。
其他
除上述常見型別外，還有碘酊、安爾碘等消毒劑也可在醫生指導下使用，能起到殺菌的效果。
二、口服藥物
如果甲溝炎的症狀比較嚴重，比如出現了明顯的波動感或者反覆發作的情況，需要遵醫囑服用希復欣敏(Cefixime)膠囊、阿莫西林（Amoxicillin）等藥物治療，能夠起到抗感染的作用，幫助病情恢復。
三、其他治療
若甲溝炎發展為急性化膿性感染，可能會導致區域性形成膿腫，此時單純依靠區域性用藥可能無法控制病情，還需及時切開引流，並定期換藥促進癒合。
此外，日常生活中還要注意做好護理措施，避免患處沾水，以免影響恢復。飲食上也要以清淡為主，不要吃辛辣刺激性的食物，以免因刺激而導致病情加重。
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