如果患者存在甲溝炎，並且處於疾病早期階段，僅出現輕微的紅腫、疼痛等症狀，則通常可以在醫生指導下使用外用藥膏進行治療。但如果患者的病情比較嚴重，已經發展為膿性感染，則需要及時透過口服藥物或手術的方式進行處理。
一、外用藥膏
褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)
：屬於抗生素藥膏的一種，主要成分是夫西地酸，具有抗菌譜廣、殺菌力強的特點。臨床上主要用於抗革蘭氏陽性菌和陰性細菌，比如葡萄球菌屬、鏈球菌屬等，因此可用於治療由金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等病原體引起的甲溝炎。
膚利舒軟膏(Mupirocin)
：是一種區域性外用抗生素類藥膏，適用於革蘭氏陽性球菌引起皮膚黏膜的各種化膿性感染，如癤、癰、毛囊炎及創傷合併感染等。而甲溝炎的發生與金黃葡萄球菌、表皮葡萄球菌等致病微生物有關，故也可遵醫囑應用此藥來緩解症狀。
魚石脂軟膏
本品為無色至微黃色半透明油狀液體，可使發炎組織侷限並消散，對多種細菌有抑制作用，常用於急慢性淋巴結炎、急性蜂窩織炎、瘻管及外科創傷的治療。但若患有甲溝炎後，也可以在專業醫生指導下使用該藥來改善不適。
其它藥膏
除上述常見藥膏以外，患者還可以在醫生指導下使用碘酊、如意金黃散等藥物進行塗抹，也能夠起到一定的療效。
二、口服藥物
對於病情較嚴重的甲溝炎患者而言，在使用以上外用藥物的同時還需要配合口服用藥來進行治療，如阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)分散片等，以促進病情恢復。
三、手術方式
若甲溝炎形成膿腫時，則應行膿腫切開引流術，即沿患指縱軸方向切開膿腫，清除膿液以及壞死組織，放置橡皮條引流。術後需每日換藥直至傷口癒合，癒合後遺留一個窄而淺的缺損，一般不會影響日常生活。
四、其他方法
部分甲溝炎患者還可採用紅外線照射、超短波療法等方式輔助治療，也幫助加速區域性血液循環，從而達到消炎止痛的目的。
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