治療甲溝炎的藥物較多，需要根據患者的具體情況選擇合適的藥物。若為急性期甲溝炎，區域性紅、腫、熱、痛症狀較嚴重時，可以遵醫囑使用外用藥膏或口服藥物進行抗感染處理。如果甲溝炎已經化膿，則需及時切開引流。
一、外用藥膏
魚石脂軟膏
具有消炎、止痛以及促進發炎吸收的作用，在臨床上應用較為廣泛，可起到較好的殺菌作用，並且不會刺激皮膚，但部分人群對魚石脂軟膏過敏則要禁用。
膚利舒軟膏(Mupirocin)
：屬於抗生素類外用乳膏，對於革蘭氏陽性球菌和革蘭陰性桿菌引起的皮膚表面感染有一定的抗菌效果，如癤、癰等，因此也可用於治療甲溝炎。
褐黴素(Fusidic acid)
：主要成分是夫西地酸，是一種廣譜抗菌素，可用於革蘭氏陽性菌引起的各種輕度感染，比如毛囊炎、創傷合併細菌感染等，也可輔助治療甲溝炎。
複合新黴素軟膏
由硫酸新黴素、甘油組成，主要用於潰瘍面、傷口及黏膜的塗抹，適用於念珠菌、滴蟲、皰疹病毒等病原微生物所致的感染性疾病，如甲溝炎。
碘酊
將棉籤蘸取少量碘酊在患處消毒後，再用注射器抽吸液體，以不超過0.5ml為宜，輕輕注入甲溝炎部位，隔日一次，反覆操作數次即可。
二、口服藥物
若甲溝炎的症狀未見明顯好轉，甚至出現加重的情況，通常提示有明顯的全身症狀，此時可在醫生指導下服用希復欣敏(Cefixime)分散片、阿奇黴素（Azithromycin）等藥物控制感染。
三、其他方法
當甲溝炎形成膿液時，還需及時到醫院就診並行手術切開引流，同時要注意加強護理，保持區域性清潔乾燥，避免沾水而誘發感染。另外還要注意飲食清淡，儘量不吃辛辣刺激的食物，以免影響恢復。
此外，日常生活中也要注意個人衛生，勤換洗內衣褲，還應適當修剪指甲，避免過於用力剪除趾甲，以防傷害甲床。
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