治療甲溝炎的藥物較多，並沒有固定的專用藥物。主要分為外用藥物和口服藥物兩種型別，外用藥物包括碘酊、魚石脂軟膏等，口服藥物包括頭孢類抗生素、硝基咪唑類抗生素等。
一、外用藥物
碘酊
可將棉籤蘸取一定量的碘酊塗抹在患處，具有消毒殺菌的作用，能夠抑制細菌生長，從而緩解症狀。
魚石脂軟膏
可直接將其塗於患處，能夠起到消腫止痛的效果，對於早期甲溝炎患者較為適用。
二、口服藥物
頭孢類抗生素
如希復欣敏(Cefixime)分散片、頭孢呋辛酯(Cefuroxime Axetil)等，此類藥物抗菌譜較廣，對多種致病菌有較好的殺滅作用，服用後可以控制感染，促進恢復。
硝基咪唑類抗生素
常用藥物為複合新諾明片、甲硝唑(Metronidazole)等，該類藥物屬於一類抗厭氧菌的抗生素，而部分甲溝炎是由於厭氧菌感染所導致，因此使用此藥物也可發揮一定的療效。
盤尼西林類抗生素
比如阿莫西林（Amoxicillin）、氨苄西林膠囊等，也具有一定抗菌效果，可用於治療甲溝炎。
大環內酯類抗生素
常用的藥物為紅黴素(Erythromycin)、紅黴素(Erythromycin)等，這類藥物抗菌譜比較廣泛，且副作用較小，適合孕婦及哺乳期女性應用。
喹諾酮類抗生素
主要包括左氧氟沙星(Levofloxacin)、賽普沙辛(Ciprofloxacin)等，抗菌活性強，穿透細胞膜的能力較好，但不建議18歲以下人群應用。
三、其他
除上述常見的幾種藥物以外，還有褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)、膚利舒軟膏(Mupirocin)等多種外用藥物，都可在醫生指導下酌情選用。若病情嚴重，則需及時進行手術切開引流處理，以免延誤病情。此外，在用藥期間還要注意做好區域性護理措施，保持清潔衛生，防止繼發感染。
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