甲溝炎患者在手術後可以吃頭孢類、盤尼西林類等抗生素進行抗感染治療。如果區域性出現發紅、腫脹的情況，則需要口服阿莫西林（Amoxicillin）、羅紅黴素(Roxithromycin)等藥物控制發炎。
頭孢類
如希復欣敏(Cefixime)顆粒、頭孢呋辛(Cefuroxime)等，此類藥物具有較好的抗菌活性，在臨床上應用比較廣泛。對於細菌引起的上呼吸道感染以及泌尿系統感染有一定的作用，而且副作用也比較小。
盤尼西林類
比如氨苄西林膠囊、阿莫西林（Amoxicillin）等，這些藥物屬於廣譜抗生素，能夠起到抑菌和殺菌的作用，在臨床中主要用於敏感菌所導致的呼吸道感染、皮膚軟組織感染等疾病。因此，患有甲溝炎也可以遵醫囑使用上述藥物進行治療。
喹諾酮類
例如左氧氟沙星（Levofloxacin）、賽普沙辛(Ciprofloxacin)等，該類藥物透過抑制病原體DNA旋轉酶而抑制DNA複製，達到抗菌作用。此外，由於其選擇性地抑制革蘭陰性桿菌的DNA旋轉酶，對人細胞DNA的傷害作用較小，所以也適用於敏感菌所致的甲溝炎。
大環內酯類
包括阿奇黴素(Azithromycin)、克拉黴素(Clarithromycin)等，這類藥物可與核糖核苷體小亞基結合，抑制蛋白質合成而發揮抗菌作用。通常用於治療支原體屬、衣原體屬、軍團菌屬、立克次體屬等病原體所致的感染性疾病。
四環素類
常用藥物有米諾環素膠囊、去氧羥四環素(Doxycycline)等，其藥理機制為干擾細菌轉錄過程中的RNA功能，從而阻斷mRNA的形成，影響蛋白質的合成，最終殺滅細菌。
其他
除以上常見的幾種外，還有老虎黴素(Tigecycline)膠囊、磷黴素(Fosfomycin)等，也可幫助緩解不適症狀。
需要注意的是，以上列舉的一般是在病情較輕時服用，若患者的病情較為嚴重，可能還需要靜脈輸注頭孢曲松(Ceftriaxone)、注射用頭孢噻肟(Cefotaxime)等藥物來改善情況。另外，建議甲溝炎患者在日常生活中注意患處清潔衛生，避免沾水，並且要保持清淡飲食，以免加重發炎反應。
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