臨床上治療甲溝炎的藥物較多，並不侷限於一種。對於輕度甲溝炎患者，可以使用外用塗抹類藥物進行治療，如褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)、膚利舒軟膏(Mupirocin)等抗生素藥膏；中重度甲溝炎則需要口服或靜脈注射抗生素藥物來控制感染，必要時還需要進行手術治療。
一、外用塗抹類藥物
褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)
：主要成分為夫西地酸，對革蘭氏陽性菌和陰性菌有效，可用於細菌感染引起的甲溝炎，可起到消炎殺菌的作用。
膚利舒軟膏(Mupirocin)
：屬於區域性外用抗菌藥，具有廣譜抗菌活性，對多數革蘭氏陽性球菌和革蘭陰性桿菌均具有良好抗菌作用，因此也可用於治療甲溝炎。
二、抗生素藥物
希復欣敏(Cefixime)分散片
：適用於敏感菌引起呼吸道、泌尿生殖道及皮膚軟組織感染，服用後能夠抑制細菌細胞壁的合成而發揮殺菌作用，從而緩解症狀。
阿奇黴素（Azithromycin）
為全身用抗菌素，透過抑制細菌蛋白質的合成而起殺菌作用，進而達到抗感染目的。
左氧氟沙星（Levofloxacin）
屬於喹諾酮類抗菌藥，其作用機制是抑制病原微生物DNA旋轉酶的活性，從而阻斷DNA複製過程，起到抑菌和殺菌作用。
其他
紅黴素(Erythromycin)、鉀鹽青黴素V(Penicillin V potassium)顆粒等，均可在醫生指導下用於甲溝炎的治療，但需注意孕婦以及哺乳期婦女應在醫師指導下謹慎應用上述藥物。
三、手術治療
若甲溝炎發展嚴重，已經形成膿腫，則需要及時切開引流。同時還要遵醫囑定期換藥，直至癒合。
四、其它方法
部分中藥也有一定療效，比如魚石脂軟膏、如意金黃散等，均有活血化瘀、消腫止痛的功效，可在專業中醫師操作下配伍使用。
建議甲溝炎患者平時盡量避免剪指甲，尤其是刀剪，因為刀剪會將指(趾)甲剪得過短，旁邊的軟組織向中間膨出而使嵌夾更嚴重。如果已有嵌甲，應把嵌入的部分剪掉，然後敷貼膠布，以促進發炎吸收。
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