臨床上對於深度甲溝炎的治療，主要以使用消炎藥物、抗感染藥物等進行抗感染處理為主。但僅透過外用藥物可能無法完全治癒疾病，還需要結合其他治療方法，如拔除指甲、手術等方式來綜合治療。
一、外用藥物
抗菌藥物
由於細菌入侵引起的甲溝炎，在早期可以區域性塗抹碘酒或膚利舒軟膏(Mupirocin)等抗生素藥物進行殺菌處理，避免發炎擴散引起全身性感染。
角質鬆解劑
可將水楊酸苯酚貼膏敷於患處，待其乾燥後痂皮變硬並自動脫落，達到清除嵌入肉內的部分甲垢的目的，也可遵醫囑使用尿素乳膏(Urea Cream)在睡前薄薄地塗於患處，經過一夜霜化後，用刀片輕輕剃除增厚的角質層，有助於症狀緩解。
中藥浸泡
患者也可以採用中藥浸泡的方法來進行輔助治療，比如用醋和過錳酸鉀(KMnO4)溶液交替浸泡病甲部位，起到消毒以及減輕發炎反應的作用，幫助病情恢復。
二、口服藥物
如果甲溝炎是真菌感染所導致，並且伴有明顯的瘙癢等症狀，則需要服用伊曲康唑(Itraconazole)或者特比奈芬(Terbinafine)等抗真菌類藥物進行治療，能夠有效控制病情發展。
三、物理療法
若上述方法效果不佳，還可採取紅外線照射的方式促進血液循環，加速新陳代謝，從而幫助消除發炎。
四、手術治療
當甲床下積膿現象沒有得到及時引流時，會導致發炎進一步加重，甚至會形成半脫位的甲床分離。此時就需要到醫院讓醫生直接把指甲剪開，再利用雙氧水沖洗掉指甲下的膿液，最後用紗布條引流條放置到指甲下面進行加壓包紮即可。但如果已經出現膿腫的現象，則需要切開引流，同時還要定期換藥，直至癒合為止。
此外，日常生活中也要注意做好護理措施，儘量不要沾水以防感染，飲食上要保持清淡，多吃新鮮水果蔬菜，補充維他命C，提高身體免疫力。
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