臨床上治療腳趾縫長癬的藥物較多，如抗真菌類、激素類等。但具體使用何種藥物需根據病因進行選擇，並且應在醫生指導下用藥。
抗真菌類藥物
1.酮康唑(Ketoconazole)：屬於廣譜抗真菌藥，對皮膚絲狀真菌有效，可抑制真菌細胞膜的合成，干擾其代謝過程而起到抗菌作用。適用於鬚癬毛癬菌、紅色毛癬菌等革蘭氏陽性菌引起的足癬、股癬及甲癬等疾病。
2.百弗那挫(Bifonazole)溶液或乳膏：為廣譜抗真菌藥，透過破壞真菌的細胞壁蛋白而發揮殺菌作用，對引起腳趾縫長癬的病原菌較為敏感。常用於淺表黴菌感染，比如足癬、股癬、變色糠疹以及甲真菌病等。
3.咪康唑（Miconazole）：可用於念珠菌引起的系統性感染者和皮膚黏膜表面感染患者的區域性治療，也可用於繼發細菌感染者的聯合治療。此外還可外用於酵母菌、暗色絲孢真菌和某些其他真菌所致的手癬、足癬、股癬、體癬、變色糠疹和甲真菌感染等。
4.克氯黴唑(Clotrimazole)：本品具有廣譜抗真菌活性，能抑制真菌細胞膜的合成而起到抑菌、殺菌的作用。主要用於手癬、足癬、股癬、變色糠疹及甲癬等。
特比萘芬凝膠
是丙烯胺衍生物，可透過影響真菌細胞膜結構而起到抑菌、殺滅真菌的作用。常用於治療由真菌引起的足癬、股癬、變色糠疹及甲癬等。
激素類藥物
常用有曲安西龍(Triamcinolone acetonide)，主要成分為曲安西龍(Triamcinolone acetonide)和益康唑，其中曲安西龍(Triamcinolone acetonide)為類固醇，具有抗炎、免疫抑制的作用；益康唑為咪唑衍生物，具廣譜抗真菌作用。兩者合用具有協同抗真菌及抗炎作用，因此對於症狀較重的患者，可以遵醫囑短期應用此藥緩解不適症狀。
其他
除上述常見藥物外，患者還可以在醫生指導下使用水楊酸軟膏、尿素乳膏(Urea Cream)等保溼滋潤類藥物，以改善乾燥脫屑的症狀。如果瘙癢嚴重，還可在醫生指導下服用特比奈芬(Terbinafine)等藥物進行全身治療。
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