對於體積較小的脂肪瘤，通常不需要特殊處理。如果為體積較大的脂肪瘤，並且生長在身體表面、體表深層或腹腔等部位，則建議患者及時進行手術切除。
定期觀察
若患者的脂肪瘤直徑＜1cm，且生長位置不影響周圍組織和器官，也沒有引起相關症狀，此時可以繼續密切觀察，無需採取特殊的治療方法，因為此類脂肪瘤屬於良性腫瘤，有自然消退的可能性。
手術治療
雷射去脂
將雷射光束照射於病變部位，透過光熱原理使脂肪細胞破裂溶解，從而達到去除的目的，但可能會留下瘢痕，需慎重選擇。
抽吸術
適用於較侷限、淺表的脂肪瘤，利用負壓吸引管產生的真空狀態，將區域性積聚過多的脂肪抽出後，在區域性注射抑制疤痕增生藥物，如曲安西龍(Triamcinolone acetonide)等，以防止留疤的情況發生。
微創旋切術
是臨床上常用的去除脂肪瘤的方法之一，其具有恢復快的特點，一般術後2-4小時即可出院。但是該方法需要使用專業的器械進入體內將脂肪瘤完整取出，對身體造成的創傷較大，容易出現感染等情況。
傳統開放性手術
適用於深部脂肪瘤以及不適合其他方式操作的脂肪瘤，醫生會在局麻下沿著脂肪瘤外圍做一個梭形切口，然後徹底清除脂肪瘤，最後再用線縫合傷口，此法傷口大、易留疤痕，目前臨床已較少應用。
脂肪抽吸術
主要是抽取脂肪組織，達到去除脂肪瘤的效果，這種方法適合面部、背部等部位的脂肪瘤，缺點在於後期有可能會反彈。
除上述常見去除脂肪瘤的方式外，冷凍療法也可用於去除脂肪瘤，即採用低溫液體氮將脂肪瘤冷凍成冰塊狀，從而使脂肪瘤細胞受損並導致其死亡，進而消除脂肪瘤。由於冷凍療法只針對皮損處，因此不會影響正常皮膚，也不會造成疼痛感。但由於冷凍後的脂肪瘤質地較為柔軟，所以在冷凍後要避免用力揉搓、擠壓或搔抓患處，以免引起出血、繼發感染等問題。
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