對於龜頭濕疹的治療，需要根據不同的病因選擇合適的藥物。龜頭濕疹主要是由於過敏、感染或刺激等因素引起，因此患者可以服用抗組織胺類藥物進行治療，也可以使用抗生素或類固醇等藥物進行治療。
抗組織胺類藥物
如果是由過敏所導致的龜頭濕疹，則需口服抗組織胺類藥物如氯雷他定(Loratadine)、勝克敏（Cetirizine）等，以緩解患者的臨床症狀。
抗生素類藥物
盤尼西林
如果是細菌感染引起的龜頭濕疹，在急性期無全身症狀時，可選用阿莫西林（Amoxicillin）、氨苄西林(Ampicillin)膠囊等廣譜抗菌藥進行抗炎治療；在亞急性期和慢性期一般用喹諾酮類藥物，如左氧氟沙星（Levofloxacin）膠囊、賽普沙辛(Ciprofloxacin)等，也可外用褐黴素乳膏(Fusidic Acid Cream)塗抹患處，起到消炎殺菌的作用。
2.四環素(Tetracycline)類藥物：若患者對盤尼西林類藥物過敏，也可採用四環素(Tetracycline)類藥物，如米諾環素分散片、去氧羥四環素(Doxycycline)等，具有抗菌作用強的特點，但孕婦及哺乳期婦女禁用此藥。
大環內酯類藥物
包括紅黴素(Erythromycin)、紅黴素(Erythromycin)以及阿奇黴素（Azithromycin）等，可用於支原體、衣原體感染所致的龜頭濕疹，療效較好，不良反應少。
4.頭孢菌素(Cephalosporins)類藥物：常用的有希復欣敏(Cefixime)分散片、頭孢呋辛酯(Cefuroxime Axetil)等，適用於耐受不了四環素(Tetracycline)類藥物或者不願意接受四環素(Tetracycline)類藥物治療的患者。
類固醇
對於頑固性龜頭濕疹，尤其是經常反覆發作的患者，可以在醫生指導下短期小劑量地應用氫化皮質酮(Hydrocortisone)、普賴鬆(Prednisone)等藥物，通常用於重度肥厚性浸潤性的龜頭濕疹，能夠快速止癢且消退快，但是不能長期大量用藥，以免發生皮膚變薄、毛髮增多、色素沉著、痤瘡樣皮疹等副作用。
此外，建議存在龜頭濕疹的患者注意個人衛生，勤換洗貼身衣物，並儘量穿寬鬆舒適的棉質衣服。同時應避免抓撓區域性皮膚，以免繼發感染。另外飲食上應注意清淡，多吃新鮮蔬菜水果，少吃辛辣刺激的食物。
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