如果患者感染了對多種抗結核藥物不敏感的結核桿菌，則可稱為耐藥肺結核。此時需要進行異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)、吡嗪醯胺和乙胺丁醇的選擇性強化治療，並且要遵醫囑足量用藥。
選擇性強化治療
1.異煙肼(Isoniazid)：若檢測發現患者體內有單個耐異煙肼(Isoniazid)的結核分枝杆菌，可以繼續使用異煙肼(Isoniazid)進行治療；但如果同時合併耐鏈黴素(Streptomycin)的菌株，則建議聯合鏈黴素(Streptomycin)進行治療。
2.利福平(Rifampin)：對於單純存在利福平(Rifampin)耐藥的患者而言，在無法更換其他抗結核藥物時，可以選擇注射用硫酸卡納黴素(Kanamycin)或愛黴素(Amikacin)進行治療。
吡嗪醯胺
部分患者可能僅對吡嗪醯胺敏感，而對其他幾種抗結核藥物都不敏感，但仍然主張將此藥作為基礎治療藥物長期應用。
乙胺丁醇
如果患者在進行細菌培養後發現對乙胺丁醇敏感，通常會首選此種治療方法。如果沒有發現，也可以與利福平(Rifampin)等藥物聯合進行治療。
非選擇性強化治療
如果經過上述檢查並未發現患者體內的結核分枝杆菌對以上任何一種抗結核藥物都敏感，說明其屬於廣泛耐藥肺結核，此時則需採取以下方法處理：
二線抗結核藥物
如氯喹、左氧氟沙星（Levofloxacin）等，也可加用類固醇輔助治療，比如地塞松(Dexamethasone)等。
骨髓移植
若患者的病情較為嚴重，必要時可透過骨髓移植的方法進行治療。
此外，由於耐藥肺結核具有傳染性，所以患病期間應避免前往人群密集的地方，以免發生交叉感染的情況。另外還要注意個人衛生，勤洗手，保持良好的生活習慣，戒菸戒酒，適當運動，以增強身體抵抗力。
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