如果想要確診是否患有肺結核，需要進行一系列檢查。通常情況下，臨床會透過影像學檢查、實驗室檢查、病理組織活檢等方法來進行輔助診斷，但並不能單純依靠上述一項來確診疾病。
影像學檢查
胸部X光
由於早期肺結核病變不明顯，因此建議患者在出現咳嗽、咳痰2周以上時，可以拍一張胸片觀察雙下肺的情況。若發現斑片狀陰影或邊緣模糊不清的雲霧狀影，特別是位於肺上葉或者中葉尖部，則提示可能患肺結核。
高分辨率CT
可顯示肺內小病灶和支氣管性肺擴張不全，在活動性肺結核的診斷中有重要價值。
超音波心動圖
當合併有肺門淋巴結腫大時，可見到心緣增大，左、右心增大及室壁厚度增厚的表現，有助於鑑別其他原因所致的心臟增大。
纖維支氣管鏡
主要用來明確肺結核患者的病因，並且對於部分肺結核治療效果不佳者，可透過纖支鏡對病變部位進行灌洗以明確細菌培養結果，幫助指導後續抗感染用藥。
實驗室檢查
血常規
一般表現為白血球減少，伴或不伴有原發感染者嗜嗜中性球比例增高；少數重症肺結核患者白血球可增多，常為嗜中性球為主，提示繼發細菌感染。
病原菌檢查
取呼吸道分泌物做直接塗片抗酸染色，找到結核桿菌具有高度診斷意義。另外還可以採用核酸雜交技術檢測痰液中的結核桿菌DNA，敏感性和特異性均較高。
病理組織活檢
主要是經皮肺穿刺活檢術，適用於周邊放射影像學表現與中心病灶不符，而懷疑肺擴張不全或粟粒性肺結核、結節病、肺癌或其他肺內外腫瘤的患者。該檢查準確率高，能夠提供重要的形態學依據，可用於確診肺結核。
分子生物學檢查
利用聚合酶鏈反應(PCR)技術檢測痰標本中結核桿菌的RNA，具有快速、靈敏等特點，是目前用於初診疑似肺結核病人篩選的一種理想手段。
除了上述幾種常見的檢查以外，還有如結核菌素試驗、γ-干擾素(Interferons)釋放試驗、動物接種以及結核分枝杆菌反轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)等，均可協助判斷是否存在肺結核。但由於這些檢查方式存在一定的局限性，所以不能僅憑藉單一檢查專案進行確診。
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