耐藥肺結核患者需要進行藥物敏感試驗，根據檢查結果選擇合適的抗結核藥物。如果對多種抗結核藥物都不敏感，則稱為耐藥肺結核，此時可以選擇異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)、吡嗪醯胺等藥物聯合用藥，也可以使用硫酸鏈黴素(Streptomycin Sulfate)和注射用鹽酸愛黴素(Amikacin)進行聯合治療。
藥物敏感試驗
病原學檢測
如痰培養法，將痰標本接種於含液體培養基的培養瓶內，在35℃±2℃條件下培養1-3周後觀察菌落形態及生長情況。另外還可以採用塗片鏡檢法、結核分枝杆菌培養法等方法來檢測是否存在抗藥性。
PET掃描
PET掃描可以顯示肺部病變的位置以及範圍大小，並且能夠判斷出是否出現其他部位的轉移病灶，對於耐藥肺結核患者的診斷具有重要意義。
治療方法
單藥治療
若患者為單一種類耐藥結核分枝杆菌感染，可選用敏感藥物進行單藥治療，常用的有異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)等。
短程療法
適用於復治或難治耐藥肺結核，常用方案包括三種，即強化期使用4種敏感藥物聯合治療2個月，鞏固期僅使用異煙肼(Isoniazid)治療6個月；強化期使用異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)、喹諾酮類藥物(氧氟沙星(Ofloxacin))、二線注射劑聯合治療2個月，鞏固期只使用異煙肼(Isoniazid)治療10個月；強化期使用異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)、吡嗪醯胺、乙胺丁醇聯合治療2個月，鞏固期使用異煙肼(Isoniazid)、吡嗪醯胺治療8個月。
長程療法
適用於初治耐藥肺結核，常用方案是強化期使用異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)、喹諾酮類藥物(左氧氟沙星（Levofloxacin）)、二線注射劑聯合治療9個月，鞏固期使用異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)治療18個月。
其他方法
部分非耐藥的耐多藥肺結核患者還可採取口服藥物的方法來進行治療，比如口服硫酸鏈黴素(Streptomycin Sulfate)、愛黴素(Amikacin)等藥物進行治療。
由於耐藥肺結核傳染性較強，所以患病期間建議做好隔離防護措施，避免與他人共用餐具或其他生活用品，以免發生交叉感染。同時還要注意飲食清淡，適當增加運動鍛鍊以加強免疫力，有助於促進病情恢復。
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