如果發現患有肺結核後不進行積極、有效的治療，可能會導致病情加重。若出現肺結核患者經過有效抗結核藥物治療後仍不緩解的情況，則考慮為出現了肺結核耐藥情況，此時需及時就診，在醫生指導下更換敏感的抗結核藥物繼續治療。
1.異煙肼(Isoniazid)：當發生肺結核耐藥時，可選擇利福平(Rifampin)聯合異煙肼(Isoniazid)進行治療，也可以選擇利福平(Rifampin)單用或與異煙肼(Isoniazid)聯合作為一線方案，通常需要服用6-9個月的時間。
吡嗪醯胺
對於部分難治性的肺結核，如對多種抗結核藥物都產生了抗藥性的情況下，可以加用吡嗪醯胺來進行治療，一般療程是0.5年左右。
喹諾酮類藥物
常用的有左氧氟沙星（Levofloxacin）等，適用於兒童和孕婦，以及肝腎功能異常者。此外，還可以使用莫西沙星來代替二線抗結核藥物中的氯黴素(Chloramphenicol)，但需要注意莫西沙星禁用於妊娠期婦女。
其他藥物
另外還有氨基糖苷類藥物，包括鏈黴素(Streptomycin)、愛黴素(Amikacin)等，以及立環素(Cycloserine)、卷曲黴素等也可作為二線抗結核藥物，其中鏈黴素(Streptomycin)常與其他抗結核藥物聯合應用，而卷曲黴素則常與利福平(Rifampin)等抗結核藥物聯合應用。
以上列舉的一線抗結核藥物中，一旦存在耐藥情況，應立即停用，並在專業醫師指導下選用合適的替代藥物繼續治療。同時還需要注意的是，由於抗結核藥物較多且複雜，因此建議在專業的醫生指導下用藥，避免自行盲目用藥，以免造成不良後果。除此之外，還需注意遵醫囑足量、規律服藥，切忌不可隨意減量或者漏服、早退，以免影響療效甚至產生抗藥性。
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