如果患者經過痰培養檢查發現有結核桿菌，則可確診為活動性肺結核。若肺結核患者在痰液中未檢測到結核桿菌時，可能與痰量較少、操作不當等原因有關，此時可以採取霧化吸入治療、直接觀察法等方法進行處理。
原因
痰量較少
部分肺結核患者的病情較輕或病程較長，導致咳嗽無力，且肺部病變不嚴重，因此產生的痰液較少，無法透過痰檢的方式檢測出結核桿菌。建議此類患者加強營養支援，並遵醫囑使用Isoniazid(INH)、立汎黴素(Rifampicin)等藥物積極抗結核治療。
操作不當
由於取樣容器的清潔度較差或者取樣的時間過長，均可能導致樣本受到汙染而出現假陰性的結果。此外，在取樣過程中，如果消毒方式不到位則容易引起感染的情況發生。建議患者再次複查時應嚴格按照醫生指導規範操作，同時注意個人衛生和消毒。
治療方法
霧化吸入治療
對於痰液較少者可透過向支氣管內注入高濃度乙醯半胱氨酸溶液的方法促進排痰，也可以將安嗽錠(Ambroxol)加入生理食鹽水中進行霧化吸入，能夠起到溼化氣道以及降低氣道阻力的作用，從而緩解呼吸道痙攣情況，使痰液稀釋後排出體外。
直接觀察法
如果懷疑自身患有肺結核，但多次痰檢均為陰性時，也可前往醫院呼吸內科就診，由專業醫生透過視診明確是否存在相關疾病及病變部位，必要時可行纖維支氣管鏡檢查，以幫助診斷疾病。
影像學檢查
如胸部X光、CT檢查等，有助於判斷肺部病變範圍大小，還可以瞭解是否伴有胸膜滲出液等情況。
血常規檢查
通常包括白血球計數、紅血球計數、血小板計數等指標，當患者合併細菌感染時會出現相應變化，還可用於輔助其他疾病的診斷。
結核菌素試驗
是透過皮內注射結核毒素，並根據注射部位的硬結直徑來判定身體是否感染結核分枝杆菌的一種試驗，陽性結果提示可能存在肺結核。
除此之外，還需完善PPD試驗(結核菌素純蛋白衍生物試驗)、基因測序等相關檢查幫助確診疾病。日常生活中應注意飲食清淡，避免進食辛辣刺激的食物，以免加重咽喉黏膜充血、水腫的症狀。
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