如果患者在治療期間出現肺結核復發的情況，並且出現了藥物抵抗的現象，則提示為耐藥肺結核。此時需要及時明確抗結核的敏感藥物，根據痰菌檢查結果以及患者的症狀進行規律、全程、聯合使用敏感的抗結核藥物進行治療。
如果患者在治療期間出現肺結核復發的情況，並且出現了藥物抵抗的現象，則提示為耐藥肺結核。此時需要及時明確抗結核的敏感藥物，根據痰菌檢查結果以及患者的症狀進行規律、全程、聯合使用敏感的抗結核藥物進行治療。
對於初治的耐藥肺結核患者而言，通常可以遵醫囑選擇硫酸鏈黴素(Streptomycin Sulfate)、立汎黴素(Rifampicin)等一線抗結核藥物進行治療。此外，還可以加用口服的二線抗結核藥物，如吡嗪醯胺片、左氧氟沙星(Levofloxacin)等，以增強療效。而對於復治的耐藥肺結核患者來說，常用的治療方法是強化期短方案療法和鞏固期長方案療法，即強化期2個月，在強化期內每天給藥1次，連續3個月。鞏固期每個月用藥15天左右即可，療程至少1年半以上。
若經過積極有效的抗結核治療後，病情可得到控制並逐漸恢復，但仍有部分耐藥肺結核患者無法完全治癒而呈慢性過程，甚至可能因不規範治療或治療不足等因素導致疾病反覆發作，嚴重時還可能會發生肺大皰破裂等情況，危及生命安全。因此建議此類患者積極配合醫生進行針對性治療，以免延誤病情。
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