肺結核患者遵醫囑使用抗結核藥物治療時，可以出現多種不良反應。其中常見的不良反應有肝功能傷害、胃腸道不適症狀以及神經系統異常等，嚴重者還會損害患者的腎臟。
肝功能傷害
常見於利福平(Rifampin)和異煙肼(Isoniazid)，服用上述兩種藥物期間需要定期檢查肝腎功能，如果發現轉氨酶升高明顯，則考慮與服藥有關。此時需在醫生指導下調整用藥方案，必要時可口服保肝降酶藥物進行對症處理，如聯苯雙酯滴丸、復方甘草酸苷片等。
胃腸道不適症狀
常見於吡嗪醯胺，該藥常引起噁心、嘔吐、腹瀉及腹部不適等症狀，部分患者還可伴有肝臟腫大、關節疼痛、皮疹或肌痛等表現。一般不需特殊處理，多數患者耐性較好，個別不能耐受者可在醫生的指導下更換其他抗結核藥物，比如利福平(Rifampin)等。
神經系統異常
較為常見的為周圍神經炎，表現為肢體麻木感、針刺感或者手套、襪套樣感覺異常，通常無疼痛，少數患者會出現電擊樣的灼痛。另外，還可能出現頭暈、頭痛、失眠、焦慮不安、記憶力減退等精神系統症狀，嚴重者甚至會誘發癲癇發作。對於此類情況，建議在醫生的指導下及時停用相關抗結核藥物，並給予相應治療，如甲鈷胺(Mecobalamin)營養神經等。
腎臟損害
較常見的是異煙肼(Isoniazid)，長期大量應用可能會導致不可逆性的腎小管病變，從而引發少尿、血尿、蛋白尿、水腫、電解質紊亂等現象。一旦發生以上不良反應，應立即停藥並告知醫生，由醫生決定是否繼續治療或換藥治療。
除了上述情況外，還有可能影響到身體免疫能力而併發感染性疾病，如病毒性肺炎、細菌性肺炎等。因此，在服用抗結核藥物治療期間要注意加強護理，保持飲食清淡，避免進食辛辣刺激性食物，以免加重胃腸道負擔，不利於病情恢復。
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