如果經過正規的抗結核治療之後，痰培養仍然是陽性，並且出現了耐藥的情況，則稱為耐藥肺結核。如果是單一種類的藥物耐藥，則可以進行聯合用藥來控制病情的發展；但是如果兩種或兩種以上的藥物同時出現耐藥，則屬於難治性的肺結核。
如果經過正規的抗結核治療之後，痰培養仍然是陽性，並且出現了耐藥的情況，則稱為耐藥肺結核。如果是單一種類的藥物耐藥，則可以進行聯合用藥來控制病情的發展；但是如果兩種或兩種以上的藥物同時出現耐藥，則屬於難治性的肺結核。
難治性肺結核患者需要及時更換敏感的抗結核藥物來進行治療，必要時可以選擇異煙肼(Isoniazid)、利福平(Rifampin)、鏈黴素(Streptomycin)等注射用藥物來做進一步的治療，在使用藥物期間還需要定期到醫院做複查，根據檢查結果和醫生建議調整藥物劑量以及療程，防止在治療的過程中發生藥物不良反應或者治療效果不佳的現象。
此外，對於部分由於自身免疫力低下而引起的頑固性肺結核患者來說，也可以透過手術的方法來進行治療，如開胸結核球切除術、肺段切除術等。術後還要注意做好傷口部位的護理工作，保持區域性清潔衛生，避免感染的發生。
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