抗結核藥物較多且種類複雜，常見副作用有肝功能傷害、腎功能傷害、神經系統症狀以及消化系統等。但部分患者在醫生指導下規範使用抗結核藥時，並不會出現明顯不適。
肝功能傷害
較常見的為異煙肼(Isoniazid)和利福平(Rifampin)，可引起肝臟毒性反應，表現為食慾減退、噁心、嘔吐、上腹部疼痛等症狀，嚴重者會出現黃疸、黑糞、腹水及膽汁淤積性黃疸等。若發生上述情況則需立即停用抗結核藥物，在醫生指導下進行護肝降酶治療，如口服聯苯雙酯滴丸保護肝細胞膜，門冬氨酸轉氨酶升高超過正常值3倍以上，則應加服保肝降酶藥物，如穀胱甘肽（Glutathione）、復方甘草酸苷片等。
腎功能傷害
鏈黴素(Streptomycin)、吡嗪醯胺、乙胺丁醇均有可能導致不同程度的腎功能損害，主要表現為少尿、蛋白尿、血尿或尿液圓柱體等，甚至可能發展至急性腎衰竭。因此用藥期間需要監測尿常規、腎功能變化，一旦發現異常及時處理。
神經系統症狀
較為常見的為周圍神經炎，表現為肢體麻木、刺痛感，下肢更為多見，同時還會伴有末梢感覺障礙。另外還有少數人可能出現精神錯亂、共濟失調、步態不穩等情況，一般與服用喹諾酮類抗菌藥物有關，比如氧氟沙星(Ofloxacin)製劑、左氧氟沙星（Levofloxacin）製劑等。此時需遵醫囑調整用藥方案，必要時應用維生素B1片、甲鈷胺(Mecobalamin)等營養神經藥物改善。
消化系統
臨床可見食慾缺乏、胃部不適、噁心、腹瀉等不良反應，常用抗結核藥物包括利福平(Rifampin)、吡嗪醯胺等均可影響消化道黏膜屏障而致潰瘍，所以用藥期間應注意飲食清淡，避免進食辛辣刺激食物，以免加重對消化系統的刺激。
除上述副作用外，還存在其他可能性，如糖尿病、高尿酸血症、白血球減少、過敏反應等。如果正在服用抗結核藥物，建議前往醫院結核科就診，透過痰塗片檢查、影像學檢查明確診斷並積極配合醫生治療。
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