如果患者發生智齒冠周炎，在明確診斷後，需要進行抗感染治療。由於發炎部位在口腔內最裡側，一般不建議口服消炎藥物，因為此類藥物可能會被食物吞嚥進入胃腸道而影響療效，且部分消炎藥物對胃黏膜有一定刺激性，長期服用還可能引起噁心、嘔吐等不適症狀。因此，當智齒冠周炎急性期過後，可考慮拔除智齒，以避免反覆發炎的情況出現。若處於急性發作期，則需遵醫囑選擇區域性用藥或全身用藥的方法來進行抗感染治療。
一、區域性用藥
雙氧水沖洗
透過使用醫用雙氧水將智齒周圍的膿液和細菌清洗乾淨，可以起到殺菌的作用，並緩解疼痛的症狀。
生理食鹽水沖洗
對於較深的盲袋牙菌斑，可用注射器針頭從牙齒與頰黏膜交界處或者齦溝處刺入，然後用專用的器械將盲袋內容物清理出來，最後再用高滲生理食鹽水沖洗盲袋，達到消除腫脹的目的。
碘甘油塗抹
是臨床常用的一種收斂防腐劑，常用於治療潰瘍、糜爛及瘻管等局限性的化膿性疾病。醫生會先用棉籤蘸取少量液體塗於患處，待幹後再塗第二遍，每日數次，可使傷口癒合較快，但應注意保持區域性清潔乾燥。
其他方法
如複合硼砂溶液漱口，能夠清除口腔內的異物以及壞死組織，還可以抑制細菌生長繁殖，從而減輕患者的疼痛感。
二、全身用藥
如果智齒冠周炎處在急性發作期間，患者存在明顯的發燒、頭痛等症狀時，可在醫生指導下應用抗生素類藥物控制感染，比如阿莫西林（Amoxicillin）、甲硝唑(Metronidazole)等。必要時也可採用靜脈注射的方法給藥，常用的有替硝唑注射液、奧硝唑（Ornidazole）等，能迅速改善患者的病情。
此外，若因智齒萌出空間不足導致智齒冠周炎反覆發作，應到醫院就診，由專業的正畸醫師制定詳細的矯正方案，通常情況下可以選擇佩戴矯正器的方式進行矯正。同時要注意加強日常護理，養成良好的飲食習慣，多吃新鮮蔬菜水果，避免辛辣刺激性食物，以免加重發炎反應。
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