如果出現智齒疼、引起頭痛的情況時，需要根據病因進行治療。通常可由於多種原因導致，如上頜神經痛、三叉神經痛、牙髓炎、顳動脈炎等疾病因素所致的疼痛，以及精神緊張等因素引起的頭痛。
一、對症治療
抗感染藥物
如果是齲病或牙周病引發的智齒疼、引起頭痛，則需及時到醫院就診，在醫生指導下使用阿莫西林（Amoxicillin）、希復欣敏(Cefixime)分散片等抗生素類藥物控制發炎，緩解症狀。
止痛藥
對於存在智齒疼、引起頭痛的症狀者而言，可在醫生指導下應用布洛芬（Ibuprofen）、雙氯芬酸鈉(Diclofenac sodium)等非甾體消炎止痛劑，起到較好的鎮痛效果，從而改善症狀。
二、對因治療
上頜神經痛
當患有根尖周炎、智齒冠周炎等疾病時，可能會累及上頜神經而表現為患側頭部疼痛，還可伴有咀嚼肌痙攣、腫脹等症狀。此時患者應及時就醫，並遵醫囑口服甲硝唑(Metronidazole)、服喜膜衣錠(Tinidazole)等藥物進行抗感染治療。若已經形成膿腫，則可能還需切開引流並全身應用上述抗感染藥物。此外，還應定期換藥直至癒合。
三叉神經痛
主要由血管壓迫三叉神經，或存在腫瘤壓迫等情況所造成，可表現為一側面部出現電擊樣劇烈疼痛，嚴重者還會伴隨流涕、流淚、無法正常進食等症狀。建議此類人群在明確診斷後，積極進行超音波檢查以觀察是否存在血管壓迫現象，必要時可行微血管減壓術來解除壓迫情況。而對於腫瘤壓迫則需手術切除病變部位，以達到治癒目的。
牙髓炎
一般與細菌感染、化學刺激等多種因素有關，可導致牙齒出現自發性、陣發性劇痛，且常發生於夜間。此時可透過開髓引流的方法去除刺激物，並清除壞死組織和壞死牙髓。若已完全失去保留價值，則需將患牙拔除。
顳動脈炎
是較為常見的顱外感染性疾病之一，主要是因為病毒、鏈球菌感染等原因所致。患病期間不僅會導致患者出現搏動性跳痛，而且會伴隨畏寒發燒、頸部淋巴結腫大等症狀。確診後患者應在專業醫生指導下使用鉀鹽青黴素V、琥乙紅黴素(Erythromycin)顆粒等廣譜抗菌素類藥物進行抗感染治療。若已經形成膿腫，則需透過手術方法進行切開引流處理。
除此之外，部分患者出現此症狀也可能是由於長期處於焦慮狀態、精神壓力過大等精神心理問題所致，此時則無需特殊治療，僅需適當放鬆心情即可逐漸恢復。
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